Protestantyzm podważył całkowicie katolicką naukę o Mszy św. Marcin Luter, Ulryk Zwingli, Filip Melanchton, Jan Kalwin, Tomasz Cranmer pomimo różnic w swoich poglądach podważali Rzeczywistą Obecność Pana Jezusa w Najświętszym Sakramencie, negowali ofiarny charakter Mszy św., a także autorytet papieski w dziele kodyfikacji liturgii. Luter głosił pogląd w swoich Wyznaniach, że Jezus Chrystus jest obecny pod postacią chleba i wina tylko, jeśli wierzą w to zgromadzeni na liturgii, jest obecny jedynie podczas komunii (doktryna konsubstancjacji). Zwingli rozwinął teorię, wedle której Msza jest spotkaniem, mającym charakter uczty, na której obecność Chrystusa następuje tylko w zgromadzeniu wiernych. Kalwin odrzucił całkowicie "tryumfalny" charakter liturgii, zastępując ołtarze stołami - liturgia była tylko wspomnieniem Ostatniej Wieczerzy. Cranmer, w stworzonej dla powstającego "Kościoła anglikańskiego" Book of Common Prayer, stworzył obrządek prawie całkowicie wyczyszczony z katolickiej nauki o Mszy, pozostawiając zrąb Mszy, ale usuwając wszystkie "podejrzanie katolickie" modlitwy. Msza Cranmera do złudzenia przypomina w swoim układzie Novus Ordo Missae, wprowadzony po Soborze Watykańskim II!

 Spektakularne sukcesy polityczne protestantyzmu, huraganowe rozszerzanie się herezji, doprowadziły do zdecydowanego przeciwdziałania ze strony Kościoła. Pomimo istotnych rozbieżności pomiędzy władzą papieską a cesarską, licznych trudności politycznych, zebrany w Trydencie sobór w grudniu 1545 r. rozpoczął długotrwałe dzieło odnowy życia chrześcijańskiego. Do problematyki związanej z Mszą powracano wielokrotnie w czasie sesji soborowych, potępiając wszystkie "nowinki" protestanckie. Sobór stanął twardo na gruncie nauki o transsubstancjacji (przemianie chleba w Ciało i wina w Krew Jezusa Chrystusa, podczas wymawiania przez kapłana słów konsekracji); przypomniano, że Msza św. jest realną, bezkrwawą Ofiarą; że w każdej cząstce Hostii i konsekrowanego Wina jest obecny Pan Jezus; Realna Obecność ma miejsce w Najświętszym Sakramencie zawsze; Najświętszemu Sakramentowi należy oddawać należną mu cześć; Najświętszą Ofiarę może sprawować jedynie prawnie wyświęcony kapłan; tylko on może dotykać Hostii i rozdawać Komunię; dzięki uczestnictwu w Przenajświętszej Ofierze możemy otrzymać wiele łask, tak dla żywych, jak i umarłych. Ojcowie soborowi wypowiedzieli również swoje zdanie na temat liturgii, akcentując konieczność łączności z rytem, którego początki sięgają Ostatniej Wieczerzy, a który formował się dzięki staraniom świętych Ojców Kościoła i papieży. W dokumentach Soboru czytamy o Kanonie Mszy, że "na wiele przedtem wieków ułożył go Kościół katolicki dlatego, aby Najświętsza Ofiara godnie i ze czcią sprawowaną była, że w nim najmniejszego błędu nie ma, a wszystko taką tchnie świętością i pobożnością, iż umysły ofiarujących ku Bogu podnosi i porywa".

Sobór zakończył swą działalność w 1563 r., ale kontynuowano postulowaną przez niego odnowę, której istotnym elementem była reforma Mszału. Prace zakończono pod przewodnictwem papieża św. Piusa V (1566-1572) w roku 1570. Świątobliwy papież nie stworzył "Nowej Mszy", jak często się insynuuje, ale kontynuował prace Piusa IV osadzone silnie w tradycji Mszału rzymskiego z 1474 r. oraz działań liturgicznych podejmowanych przez Innocentego III w XIII w., który z kolei opierał swoje działania na dziele św. Grzegorza Wielkiego i jego świętych poprzedników. Mszał Rzymski św. Piusa V poprzedzała wydana 14 VII 1570 r. bulla Quo primum tempore, w której papież nakazywał wyłączne używanie tego Mszału i zagroził karą ekskomuniki wszystkim tym, którzy wprowadzą do niego jakiekolwiek bezzasadne zmiany lub nakazywać będą odprawianie innej Mszy niż ta. Bulla miała strzec panowania Mszy trydenckiej w liturgii Kościoła po wieczne czasy, gdyż Msza osiągnęła swój doskonały koniec rozwoju. W 1588 r. papież Sykstus V (1585-1590) założył Kongregację Obrzędów, "która miała strzec przepisanych ceremonii Kościoła i nie dopuszczać jakiejkolwiek ich skazy" (Pius XII). Msza trydencka organicznie wyrastała z obrządku Kościoła wcześniejszych wieków; do Mszy wprowadzono niewielkie zmiany, które mogły poszczycić się wielowiekową tradycją, np. początek Ewangelii wg św. Jana, odczytywany na końcu Mszy przez celebransa. Inne modlitwy, jak np. Suscipe, sancta Trinitas znalazły się w mszałach już w XII w. (przejęte z obrządku ambrozjańskiego) i od tego czasu były w powszechnym użyciu.

Św. Wincenty z Lerynu, Ojciec Kościoła, walcząc z heretykami, pisał, że w razie zagrożenia Wiary i powszechnego zamętu należy "przylgnąć do starożytności", znaleźć oparcie w Tradycji Kościoła. Msza trydencka, będąca tarczą przeciw bluźnierstwom protestantów, jest sumą najwspanialszych elementów bogatej Tradycji liturgicznej Kościoła. Spuścizna liturgiczna Kościoła katolickiego posiada jedyną legitymizację, sięgającą pierwszej Mszy św. odprawionej przez Jezusa Chrystusa w Wieczerniku. Najświętsza Ofiara Mszy ulegała powolnemu, stopniowemu rozwojowi poprzez czasy apostolskie, aż do osiągnięcia pełnej doskonałości w postaci Mszy św. Piusa V. Niestety, bogactwo to zostało roztrwonione przez modernistów po Soborze Watykańskim II. Wspominając Mszę Wszechczasów, jej piękną historię, pamiętajmy o należnej jej, jako drogocennemu klejnotowi Kościoła, czci. Papież Pius XII pisał w encyklice Mediator Dei: "Gdy więc stoimy przy ołtarzu, przemieńmy tak swojego ducha, aby cokolwiek w nim było grzesznego, całkowicie zgasło, a cokolwiek rodzi przez Chrystusa życie nadprzyrodzone, wzmogło się i spotężniało. W taki sposób mamy się stać wraz z Hostią Niepokalaną ofiarą miłą Ojcu Przedwiecznemu".