Duży wpływ na formowanie się Mszy św. miała walka prowadzona przez Kościół z ruchami heretyckimi. Pojawienie się wewnątrz Kościoła poglądów sprzecznych z jego nauczaniem powodowało potrzebę wyraźniejszego sprecyzowania zawartych w liturgii modlitw, umieszczenia doskonalszych rytuałów. Obawa ta przed przedostaniem się heretyckich poglądów do tekstów liturgicznych doprowadziła w 393 r. na synodzie w Hipponie i w 407 r. na synodzie w Kartaginie do wydania ostrzeżenia i zakazu korzystania z nowych formularzy liturgicznych zawierających błędy. Wczesnochrześcijański spór o używanie w liturgii wina z dodatkiem wody, negowanej przez część wiernych, doprowadził do wyodrębnienia się w czasie Mszy zwyczaju dolewania kilku kropel wody do wina. Wcześniej diakoni przynosili do ołtarza tzw. oblatę, czyli mieszaninę wina z wodą.

Zarzucono istniejący w niektórych diecezjach zwyczaj przyjmowania Hostii do ręki i całowania Jej, wprowadzając przyjmowanie do ust, co stanowiło reakcję na niebezpieczny, nienal bałwochwalczy kult konkretnej Hostii. Zdarzały się przypadki wynoszenia konsekrowanych Hostii poza świątynie, w celu adorowania ich w domu, leczenia chorych, wkładano nawet Hostie do trumien razem ze zmarłymi! Kościół przeciwdziałał tej źle pojętej pobożności, zakazując rozdawania Komunii na ręce wiernych.

W obrządkach wschodnich, które zostały skonfrontowane z herezjami znacznie wcześniej niż zachodnie chrześcijaństwo, również pewne elementy liturgii były zamanifestowaniem sprzeciwu względem herezji. Ikonoklastyzm (obrazoburstwo), rozwijający się w Bizancjum, spotkał się ze sprzeciwem wśród duchowieństwa, a walka z nim doprowadziła do zastąpienia zasłon i balasek, stosowanych w liturgii, ikonostasem, ścianą zawierającą święte obrazy, oddzielającą sferę sacrum od sfery profanum. Na specjalne życzenie cesarza Justyniana, ok. 535 r., w czasie walki z tendencjami nestoriańskimi wprowadzono do liturgii hymn "Jednorodzony Synu", który miał utwierdzić wiernych w prawowiernej doktrynie dotyczącej natury Pana Jezusa. Konflikty z heretykami doprowadziły w VIII w. w Bizancjum do praktyki umieszczania w absydach świątyń przedstawienia Tronującego Chrystusa, niszczącego podstępne herezje, otoczonego przez aniołów, apostołów, męczenników i kapłanów.

Kościół zachodni przez długi czas cieszył się wolnością od poglądów heretyckich. Stąd kształtowanie się obrządku rzymskiego następowało wolniej niż wschodnich rytów. Z tego powodu aż do XI w. Msza rzymska nie zawierała Credo, które było recytowane i śpiewane na Wschodzie już w VI w. Wyznanie wiary zawierały mszały używane w Hiszpanii, a od czasów Karola Wielkiego również w Galii i Germanii. Najprawdopodobniej zwyczaj ten przeszczepiony został ze Wschodu. Według relacji Bernona, opata z Reichenau, w 1014 r. w czasie koronacji w Rzymie św. Henryka II na cesarza doszło do pierwszego recytowania w obrządku rzymskim symbolu wiary. Zdziwiony cesarz, przyzwyczajony do tego zwyczaju, zapytał sprawującego Mszę papieża Benedykta VIII o powód pominięcia tak istotnej części. Papież odrzekł z dumą, że nie widzi potrzeby odmawiania Credo, bo Kościół Rzymski nigdy nie skalał się herezją. Według tradycji świątobliwy cesarz uprosił papieża, aby jako dar koronacyjny wprowadził do Mszy obowiązek odśpiewywania Credo w niedziele i święta. Prośba została spełniona.

Niestety, nie trzeba było na atak herezji zbyt długo czekać. W tym samym wieku po raz pierwszy zanegowano Rzeczywistą Obecność Pana Jezusa w Sakramencie Ołtarza, co uczynił Berengariusz z Tours (999-1088). Reakcją na rozpowszechniane poglądy heretyka było podkreślenie w czasie Ofiary Rzeczywistej Obecności poprzez gesty kapłana i wiernych (klękanie, upadanie na twarz), dzwonienie podczas konsekracji, a w pewnych częściach Europy zapalanie po jednej dodatkowej świecy po konsekracji.

Negacja Przeistoczenia, Rzeczywistej Obecności, ponownie znalazła zwolenników pośród wyznawców groźnej sekty albigensów - katarów. Ks. A. Chadwick zwraca uwagę, że konfrontacja z kataryzmem wpłynęła pozytywnie na wzrost pobożności eucharystycznej. Co prawda Podniesienie po Przeistoczeniu pojawia się ponownie w Mszy (powszechnie w użyciu w IV w.) jako skutek działań ruchu eucharystycznego, działającego po pokonaniu herezji Berengariusza, niemniej w XIII w. dopiero zalecane jest przez władze kościelne, zgodnie z życzeniami wiernych. Około 1208-1210 r. biskup Paryża wydał pierwsze przepisy zalecające wprowadzenie tego zwyczaju do liturgii.

Kult Najświętszego Sakramentu przyjmował w XIII w. często niebezpieczne tendencje. Przyczyna tkwiła, jak pisze ks. Chadwick, w przenikaniu do świadomości liturgicznej mitów o Graalu. "Pragnienie oglądania Hostii stało się prawie obsesją, ludzie biegali od kościoła do kościoła, od ołtarza do ołtarza, gdzie odprawiano równolegle Msze, by ujrzeć Podniesienie Hostii. Wyobrażano sobie, że w rezultacie łaski będą proporcjonalnie pomnożone do ilości oglądanych Hostii"- pisze ks. Chadwick. Zdarzało się, że ludzie wbiegali na dźwięk dzwonka na Hanc igitur, a wychodzili od razu po Przeistoczeniu. Reakcja wśród świadomej i pobożnej części duchowieństwa była natychmiastowa i polegała na wzmocnieniu prawowiernego kultu Najświętszego Sakramentu, np. celebracja Coram Sanctissimo odbywała się przed wyeksponowanym w monstrancji Sakramentem, stawianym ponad ołtarzem. W XVI w. konfrontacja z protestantyzmem doprowadzi do powszechnego stosowania na zakończenie Mszy błogosławieństwa Najświętszym Sakramentem.