Walki o kalifat i wprowadzenie nowych narodów do Islamu przez podboje przyczyniły się do powstania różnych sekt w łonie jednolitej dotychczas religii proroka.

W związku z walką Aliego o kalifat powstaje sekta Charadżytów czyli "wyprowadzających się", odrzucających Aliego, Omajadów i wogóle kalifat. Są poniekąd "purytanami Islamu".

Większe od nich znaczenie mają Szyici ("Szyja" - "partia"), żądający kalifatu dla Aliego i jego następców. Prześladują ich od dawien dawna Sunnici czyli zwolennicy tradycji, tolerujący kalifat. Religia Szyitów, przepojona ideami perskimi i indyjskimi, ma charakter elegijny. Opłakują Husejna i innych męczenników, poległych pod Kerbelą przeciwko wojsku kalifów. Husejn ofiarował się wedle nich za wiarę i swój naród. Żyją jednak niewidzialni następcy Aliego i Husejna czyli tzw. Imamowie, których autorytet zastępuje im znaczenie Koranu. Imam jest wypływem ze światłości Boga (panteizm!), która przez Adama, proroka, Aliego i Fatimę jednolitym prądem przechodziła przez ludzkość. Niektórzy stawiają nawet Aliego ponad proroka albo nazywają go wprost Bogiem. Imam, ukryty pod koniec dziejów zjawi się jako mahdi, jako zbawca "dobrze prowadzony". Powstanie Mahdiego ok. 1880 r. w Sudanie, stłumione dopiero przez Kitchenera w 1889 r., było inspirowane takimi ideami (por. "W pustyni i puszczy" Sienkiewicza). W Turcji istnieje też wiara, że właściwym mahdim jest Chrystus.

Także wśród samych Szyitów istnieją pewne sekty: jedni, jak Zejdyci, uważają wybór Omajadów na kalifów za krótkowzroczność, za rzecz nieistotną dla religii. Drudzy, jak Ismaelici, wierzą w imamów, ale twierdzą, że ostatnim widzialnym imamem był siódmy Ismael. Wierzą, że z Boga wyłaniają się coraz to doskonalsze objawienia (neoplatonizm). Koran tłumaczą alegorycznie. Mieli też znaczenie polityczne.

Perski wolnomyśliciel Abdallah ibn Mainum stworzył z sekty Ismaelitów zakon dzielący się na 9 stopni, przyjmujący, że filozofowie jak Platon i Arystoteles są o wiele mądrzejsi od proroków, i że religia ma znaczenie tylko dla trzymania w rygorze tłumów. Jest to tzw. sekta Karmatów. Z niej wyszła dynastia Fatymidów, która przepędziła Abasydów. Hakim, główny przedstawiciel tej panującej w Egipcie dynastii, prześladował chrześcijan i żydów i podawał się za inkarnację Boga i Aliego, ucząc zarazem wędrówki dusz.

Nusajrowie, mieszkający pomiędzy Antiochią a Trypolisem, wierzą, że Ali jest bogiem księżyca i "emirem pszczół" czyli gwiazd. Obok niego Mahomet jest tylko "welonem" a Koran nie ma znaczenia obok ich własnych pism religijnych. Wierzą też w wędrówkę dusz i mają pewne ceremonie chrześcijańskie.

Szyitami są również Druzowie mieszkający dookoła Libanu, wierzący w jedność Boga, którego wypływem jest kalif Hakim. Nie są oni jednak muzułmanami, znana jest ich fanatyczna waleczność.

Gorszym odłamem Szyityzmu są tzw. Asasynowie, których głową był Hasan es-Sababh, tzw. "szejk góry". Korzystał z entuzjazmu religijnego swych zwolenników, aby ze swego "gniazda orlego" tyranizować muzułmanów i krzyżowców chrześcijańskich. Upajał swych ludzi haszyszem, czyniąc ich w ten sposób gotowych do wszystkiego. Hasan II zniósł tu nawet przepisy islamu. W 1256 r. Mongołowie zdobyli to gniazdo rabusiów.

Sektą szyicką jest także tzw. Babizm, nawiązujący również do idei neoplatońskich o coraz to doskonalszym objawianiu się Boga poprzez stopniowe emanacje. Założycielem tej sekty jest Mirza Muhamed Ali ze Szyraz (+ 1850 r.), zwany Bab czyli bramą. Występował przeciwko nadużyciom kleru mahometańskiego, ogłosił się emanacją boską, twierdził, że świat nie ma ani początku ani końca, bo pochodzi z Boga. Dusze ludzkie są jak litery, które Bóg pisze i wymazuje. Kobieta miała być równouprawniona z mężczyzną, welony i poligamię trzeba znieść, dzieci należy wychowywać etycznie. Partia jego tak wzrosła, że w 1849 roku rząd turecki wystąpił przeciwko niej orężnie i samego założyciela stracił. Jeden z następców Babego, Mirza Husajn z przydomkiem Beha Allah ("blask boży") także ogłosił się prorokiem, chcąc zaprowadzić religię wszechświatową, głoszącą pokój i równouprawnienie dla wszystkich ludzi. Umarł internowany w Syrii w 1892 r.

Syn jego, Abbas Effendi, wcielił do swego wyznania jeszcze więcej cech liberalnych, tak, że jego Behaijje jest raczej wyznaniem wolnomyślicieli aniżeli religią światową.

Do idei perskich nawiązują także Jesydowie, których religia jest konglomeratem wierzeń pogańskich, islamskich, gnostycznych i chrześcijańskich.

Do idei niemahometańskich nawiązują też zakony derwiszów czyli fakirów ("żebraków"), licznych zwłaszcza w Afryce Północne. Istnieją tu nawet klasztory żeńskie. Ich poziom jest różny, jedni trudnią się nauką i nauczaniem, drudzy uprawiają tylko dziką ekstazę przez tańce, używanie narkotyków, wycia i autosugestię. Częściowo są wyłącznie zakonnikami, częściowo mają też inne zajęcia poza ćwiczeniami. Głową ich jest szejk, zastępujący im waliego czyli świętego założyciela. Zakony też głównie przyczyniły się do powstania kultu świętych, nieznanego w pierwotnym Islamie. Najsławniejsze zakony to: Kadryci o ćwiczeniach prostych, pochodzący z Bagdadu; Ryfaici, "wyjący derwisze", rozgryzający węże, połykający węgle żarzące i szkło; Sadyci, "derwisze tańczący", u których spotykamy zwyczaj, że szejk na koniu przejeżdża po leżących na ziemi zakonnikach; Isawici w Maroku, jedzący dla umartwienia obrzydliwe zwierzęta i samodręczący się; Sadylici, rozpowszechnieni na uniwersytecie w Kairze, szkoła medytacji i pobożności kontemplacyjnej; Halwatyci, przebywający 40 dni w roku na samotności; Rahmanici, uprawiający ćwiczenia w rodzaju indyjskich jogów; Naksabandyci, uprawiający kontemplację i używający narkotyków; Derkawici, pielęgnujący ubóstwo i prostotę życia. Zabarwienie polityczne posiadają zakony Madanitów, Tuhawitów i Tyganitów, na ogół nieprzychylnych Europejczykom. Senusjowie również odznaczali się w walkach z Europejczykami. Najbardziej zaś w nowszych czasach wsławiło się zgromadzenie religijne Wahabitów, powstałe w XVIII stuleciu, którego założycielem jest Abd ul Wahab (+ 1791 r.). Zgorszony życiem świeckim w miejscach świętych wywołał powstanie, zburzył Kaabę w Mekce i grób proroka w Medynie oraz zgotował wielką rzeź Szyitom, występując przeciwko kultowi świętych. Dopiero wojska egipskie zdołały zadać klęskę Wahabitom w 1818 r. Przez cały wiek XIX musieli zatem siedzieć spokojnie, aż dopiero podczas I Wojny Światowej przewodniczyli w powstaniu Arabów przeciwko Turkom i w 1924 r. zdobyli znów Mekkę, przyłączyli do siebie większość plemion arabskich a na wiosnę 1934 r. zdobyli Arabię Południową, tworząc wielkie państwo arabskie.