Myślenie jest czynnością czysto duchową, ponieważ do tej czynności człowiek nie potrzebuje używać żadnych zmysłów. Gdybyśmy nie posiadali żadnej duszy duchowej, tylko ciało materialne, to byśmy mogli poznawać tylko to, co w sposób materialny na nas działa. Tymczasem my poznajemy prawdy niematerialne, jak sprawiedliwość, pokorę. Gdybyśmy posiadali tylko ciało, jak zwierzę, widzielibyśmy np. wóz, ale wcale nie moglibyśmy pomyśleć, że ktoś musiał zrobić ten wóz. Poznanie nasze wtedy byłoby podobne do poznania konia, który widzi wóz, a poza tym nic więcej, i wcale nie zdaje sobie sprawy z tego, że ktoś musiał zrobić ten wóz.
Człowiek poznaje prawdę. Wie, że jak do dwóch bułek doda drugie dwie, będzie miał cztery. Pies, gdy zobaczy bułki, nie liczy ich, bo nie może pojmować żadnych prawd, nie wie, co to jest doskonałość, co to jest religia. A prawd tych poznać nie może, bo nie posiada duszy.
My potrafimy pojąć, co to jest kolej, co to jest śpiew, choć nie zwracamy uwagi na długość wagonu, na jego kolor, na jego prędkość, nie zwracamy uwagi na śpiew piękny, na głos cienki, gruby, przyjemny, ponieważ potrafimy pojmować te rzeczy w sposób duchowy, nie zwracając wcale uwagi na to, co oko widzi, lub co słyszy ucho.
Potrafimy zastanawiać się nad naszymi myślami, uczuciami, gdy sobie przypominamy, jak się cieszyliśmy, smuciliśmy, złościliśmy, choć radość, smutek, boleść, żal nie są ani żółte, ani białe, ani takie, które by można zobaczyć, usłyszeć, dotknąć. Jest to coś takiego, co wewnątrz nas znajduje się w jakiś duchowy sposób, czego nie potrafimy określić i o czym mówimy: tego ci nie potrafię opisać. Z tego widać, że są w nas czynności duchowe, które muszą mieć swoją przyczynę również duchową, a jest nią dusza, objawiająca się na zewnątrz przez działanie rozumu.
Również objawia się dusza na zewnątrz przez działanie woli. Jest ono także duchowe. Człowiek, gdy zobaczy piękną gruszkę, zerwałby ją i zjadł, gdyby należała do niego. Lecz człowiek ma jeszcze inne pragnienia poza tymi chęciami zaspokojenia pragnień zmysłowych, gdyż dąży do poznania cnoty i prawdy. Gdyby człowiek miał tylko ciało, nigdy by nie pragnął rzeczy nadzmysłowych. Co konia obchodzi wystawa sztuk pięknych, na którą zawiózł swojego pana, który chce nasycić duszę swą pięknem? Co psu po pięknych widokach w górach, gdzie poszedł ze swoją panią, i cały się trzęsie, stojąc nad przepaścią, podczas gdy pani jego zachwycą się cudami natury.
Wobec tego musimy powiedzieć, że to, co budzi w nas chęć do rzeczy nadzmysłowych, jest czymś nadzmysłowym, jest czymś duchowym.
Gdy pijak stanie przed karczmą, wstrętny zapach karczmy łechce go i pociąga, tak, że nie może się oprzeć. Lecz gdy przypomni sobie przyjętą w tym dniu Komunię św., lub ślub uczyniony, omija karczmę. Otóż ten dobrowolny wybór, który posiadamy, nie jest siłą materialną, ale nadzmysłową, duchową, która może pochodzić jedynie z czegoś duchowego.
Ja chcę i ode mnie całkowicie zależy nie chcieć. Pijak mówi do siebie: ja chcę dziś przepić wszystkie pieniądze - ale on może sobie powiedzieć: nie, nie będę taki nieuczciwy, ja tego nie zrobię. A czy mogę powiedzieć, żeby krew nie płynęła we mnie, bo ja nie chcę, lub żeby serce nie biło? Nie, tego nie mogę wolą dokonać, bo te czynności nie zależą od woli. To, co ja chcę przez wolę, jest przeważnie jakimś dobrem nadzmysłowym, duchowym. Wola często zwyciężą nasze chucie zmysłowe i rwie się do rzeczy wyższych, a czy mogłaby to uczynić, gdyby nasza wola była czymś zmysłowym? Nie, bo wtedy ta czynność zmysłowa sprzeciwiałaby się sobie, bo chciałaby tego, czego by znowu nie chciała, co jest przecież niedorzeczne. Gdyby wola nasza była czymś zmysłowym, wtedy nie mógłby się nikt ani zagłodzić, ani utopić, ani biczować, bo to przecież sprzeciwia się naszym zmysłom i dlatego podobnych zachowań nie widzimy u zwierząt. Wobec tego musimy sobie powiedzieć, że istnieje w nas pierwiastek, który nic nie ma wspólnego z ciałem.
Człowiek mówi: Bardzo się cieszę, że poszedłem dziś do spowiedzi, jestem z tego bardzo zadowolony - lub: Żałuję, żem poszedł dziś do kina. Oto sumienie odezwało się w nas. Czy gdy zaczyna boleć palec, lub głowa, możemy powiedzieć, że robią źle, a gdy te członki są zdrowe, że robią dobrze? Nie, bo samo ciało przecież nie może być ani cnotliwe ani występne.
Człowiek myśli. Czy ciało może spełniać tę myślową czynność? Oprócz tego mamy pożądania czysto duchowe, np. żądamy od drugiego miłości, wdzięczności, szacunku i nieraz nawet za przysługę nie chcemy pieniędzy, by nas inny miał za bezinteresownych, szlachetnych. A cóż jest przyczyną tych pożądań? Poznajemy Boga, cnotę, prawdę i wiemy, że cnota nie jest czymś materialnym, ale że ona polega na uczciwości.
A komu przypisujemy te wszystkie czynności, to myślenie, to pożądanie i poznawanie rzeczy niematerialnych? Naszej duszy. Widząc więc, że czynności jej są natury duchowej, mówimy, że i ona z natury swojej musi być duchowa. Przypatrzmy się temu dokładniej w następnym rozdziale.