Marcin Luter, profesor w Wittenbergu, człowiek burzliwego usposobienia, powstał początkowo przeciwko nadużyciu, jakiego dopuszczali się nierozsądni z odpustami (r. 1517). Wnet jednak narzucił się samowolnie na reformatora t.j. uzdrowiciela Kościoła i powstawał przeciwko zwierzchności duchownej, szczególnie przeciwko papieżowi, którego władzę zwierzchniczą nazywał uroszczeniem i tyranią, przepowiadając, że skutkiem jego usiłowań, znajdzie sromotny koniec. Trzymając się uporczywie przewrotnych swoich zdań, odrzucił wiele prawd wiary, które kościół wziął od Chrystusa i Apostołów. Usunął Mszę świętą, posty, spowiedź, modlitwy za umarłych, i wiele zwyczajów pobożnych, ogłosił uczynki dobre za niepotrzebne, twierdząc, że wiara sama usprawiedliwia i zbawia.
Prócz tego zwalczał śluby zakonne, przez co wszystkim niezadowolonym zakonnikom i zakonnicom otworzył klasztory, dozwalając im bezprawnie wchodzić w związki małżeńskie, przyznawał książętom i panom prawo do grabieży dóbr kościelnych, i pozwalał rozporządzać nimi dowolnie. Wreszcie sam złamał uroczystą przysięgę, którą złożył jako zakonnik i kapłan i pojął zakonnicę za żonę. Chełpił się, że naukę swoją czerpie jedynie z Biblii, lecz przez samowolne tłumaczenie tejże popadł wnet w oczywiste sprzeczności i fałsze. Tak np. twierdził, że człowiek nie ma wolnej woli, więc ani przykazań pełnić nie może, ani unikać złego, że grzech nie sprowadza potępienia na człowieka, byle tylko mocno wierzył i t. d. Mimo to uzyskał w krótkim czasie wielu stronników. Ludziom lekkomyślnym podobała się bowiem jego nauka, wielce dogadzająca niesfornemu życiu; a chciwym majątku książętom było bardzo na rękę zniesienie klasztorów i opactw. Przy tym nie wahał się Luter przed żadnym środkiem, w celu powiększenia swego stronnictwa, bo pozwolił Filipowi, landgrafowi heskiemu, obok jednej żony, jeszcze żyjącej, pojąć drugą. Drogą, którą szedł Luter, poszli za nim wnet inni, nawet dalej niż on. Zwingli w Szwajcarii przeczył obecności Jezusa Chr. w Najśw. Sakr. Ołtarza. Kalwin w Genewie nauczał, że Pan Bóg pewną część ludzi, bez ich winy, przeznaczył na wieczne potępienie, dlatego też zaślepia i zatwardza serca grzeszników. Nowochrzczeńcy marzyli o królestwie Chrystusowym na ziemi, w którym nie miało być ani osobistej własności, ani praw i zwierzchności. Co Luter oszczędził jeszcze w kościołach, zniszczył Zwingli, Kalwin i inni sekciarze. Rąbano wizerunki Chrystusa i Świętych, bądź obrazy, bądź rzeźby, nieraz będące arcydziełami sztuki, druzgotano organy i ołtarze, groby nawet odgrzebywano i szczątki Świętych deptano i palono. Tak "naprawiali" sekciarze, za przewodnictwem Lutra, zepsucie kościoła, i oskarżając go o brak wyrozumiałości, szerzyli fanatyzm prawdziwie wściekły i namiętności zwierzęce. Chociaż ci "naprawiacze" kościoła walczyli jedni przeciw drugim, i wzajemnie na siebie miotali przekleństwa, przecież nauka każdego z nich szerzyła się znacznie, bo schlebiała namiętnościom, a wszystkich sekciarzy łączyła wspólna ku kościołowi katolickiemu nienawiść. Aby jej zapewnić zupełne zwycięstwo, nie wahali się użyć najniegodziwszych środków. Tysiące i tysiące pism ulotnych roznosiły fałszywe zasady, a zarazem napaści i oszczerstwa, pełne zjadliwości, na papieża i duchowieństwo katolickie. Nadto dopuszczali się sekciarze w niektórych miejscach gwałtów krzyczących, karząc śmiercią swoich przeciwników i zmuszając uciskiem i prześladowaniem wszelkiego rodzaju do wyrzeczenia się świętej wiary katolickiej.
Katolicy czynili z swej strony kilkakrotne usiłowania i wchodzili kilkakrotnie w układy, aby przywrócić spokój. Ale nienawiść Lutra ku głowie kościoła, papieżowi, była nieprzejednana. Zwołał tedy Ojciec św. w r. 1545 sobór powszechny do Trydentu w Tyrolu. Sobór zbadał naukę błędnowierców i jako niezgodną z pismem św., z tradycją i rozumem, potępił ją jednomyślnie, ogłaszając zarazem doskonałe ustawy, dotyczące spraw kościelnych i usunięcia nadużyć. Znakomite prace tego soboru ozdobiły kościół nową pięknością, dodały mu świeżych sił i stanowią rzeczywistą odnowę czyli reformację kościoła. Kilka razy wzywano protestantów, aby wzięli udział w soborze, jak tego sami żądali początkowo; lecz nie chcieli przybyć. Tak więc trwa dotąd nieszczęsne odstępstwo, które w skutkach przyniosło większej części Europy nieobliczalne szkody.
Luter ogłaszał wolność, a lżył cesarza, książąt i biskupów. Nie zwlekali też chłopi z wypowiedzeniem posłuszeństwa panom swoim. Rozkiełzane zgraje chłopów przeciągały kraj, paliły zamki i klasztory, dopuszczając się na szlachcie i duchowieństwie najstraszliwszych okrucieństw. Przeszło sto tysięcy ludzi zamordowano w tym okropnym powstaniu. Nastąpiły także inne wojny religijne, aż wreszcie trzydziestoletnia wojna straszliwie spustoszyła kwitnące Niemcy, i uczyniła je polem wstrętnych okrucieństw.
W innych krajach, które przyjęły nową naukę, wszczęły się także niszczące wojny religijne i domowe. W Szwajcarii padł Zwingli w krwawej bitwie przeciw własnym ziomkom. We Francji walczyli Kalwiniści (zwani Hugenotami) przez długie lata przeciw tronowi i ołtarzowi (rządowi i kościołowi). Z ślepą zaciekłością mordowano kapłanów, zakonników i zakonnice całymi zastępami, pustoszono wsie i miasta, spalono albo zburzono wiele tysięcy kościołów, pomiędzy nimi prawdziwie wspaniałe pomniki sztuki chrześcijańskiej. Ucierpiała i Anglia srodze za odstępstwo, spowodowane przez jej króla Henryka VIII., który dlatego oderwał się od kościoła, że mu papież nie pozwolił wygnać od siebie prawowitej żony, a pojąć innej. Popłynęły strumienie krwi; sam król Karol I Stuart, następca tyrańskiego Henryka, poniósł na rusztowaniu śmierć od buntowniczych poddanych, którzy szczycili się tym, że posiadają najczystszą naukę religijną.
Stratę, którą poniósł kościół przez odstępstwo w Europie, wynagrodził Bóg sowicie nawróceniem niepoliczonych pogan w innych częściach ziemi. We wszystkich kierunkach rozchodzili się teraz posłannicy wiary i głosili naukę zbawienia z zadziwiającym skutkiem. Nie do uwierzenia prawie, co zdziałał sam św. Franciszek Ksawery, wielkimi łaskami od Boga obdarzony, Apostoł Indii. Pełen żarliwości o zbawienie dusz pogańskich przebył ocean. Wylądowawszy na obcym wybrzeżu, przechodził ulice miasta, i odgłosem dzwonka zwoływał dzieci na naukę. Przybiegały one z radością i słuchały męża bożego, który tak tkliwie opowiadał o Zbawicielu. W domach powtarzały słyszaną naukę i pobudzały dorosłych, aby gromadzili się także i słuchali świętego kaznodziei. Tak rozpoczął św. Franciszek Ksawery swą działalność. Bóg, nagradzając jego żarliwość, dał mu, jak pierwszym Apostołom, moc uzdrawiania chorych, wskrzeszania umarłych, uśmierzania burzy, jednym słowem, moc czynienia zdumiewających cudów. Niezmordowany spieszył od kraju do kraju, od wyspy do wyspy, po całych Indiach i Japonii i w krótkim przeciągu czasu dziesięciu lat nawrócił wiele ludów i królestw. Sam ochrzcił dziesięć tysięcy pogan! Po jego śmierci, prowadzili dalej dzieło boże inni posłańcy wiary, zaszczepili religię Jezusa Chrystusa także w Chinach, w kraju obszernym, po owe czasy nieznanym i nieprzystępnym. Szczerości swego nawrócenia dowiedli poganie, gdy w Japonii wybuchło prześladowanie. Przeszło milion chrześcijan poniosło śmierć za wiarę świętą, a znaczniejsza część z nich po najstraszliwszych męczarniach. Radośnie, w świątecznym stroju, jakby na ucztę weselną, spieszyły nawet młodziuchne dzieci, słabi starcy i znakomite niewiasty na zgon męczeński. Lecz niechęć ku chrześcijaństwu nie wygasła jeszcze dotąd w Japonii.
Także w Ameryce, nowo odkrytej części ziemi, szerzyło się światło Ewangelii, niszcząc bałwochwalstwo, a z nim sromotne występki. Żaden lud na ziemi nie składał liczniejszych ofiar z ludzi niż Amerykanie. Mieszkańcy Meksyku zabijali rocznie do dwudziestu tysięcy ludzi na ofiarę, a jeśli nie mieli jeńców pojmanych, ofiarowali własne dzieci.
Niepodobna opisać, co tam znosili bohaterscy misjonarze i jakie niebezpieczeństwa zagrażały im wśród krwi chciwych ludożerców. A musieli pokonywać nie tylko okrucieństwa i zbrodnie krajowców, lecz i nienasyconą chciwość przychodniów europejskich. Przecież udało się i tutaj mozolne dzieło i ustaliła się mocno wiara chrześcijańska. Mianowicie misja Paragwaj w Ameryce południowej znajdowała się w stanie kwitnącym. Z mieszkańców dzikich, którzy z drapieżnymi zwierzętami żyli w lasach i o niczym nie myśleli prócz rabunku, mordu i dogadzaniu namiętnościom, wychowali niezmordowani kapłani Chrystusowi gminy chrześcijańskie, pełne skromności i miłości, pracowite i pobożne, które zamieniły w krótkim czasie dzikie pustkowia ojczyste w kraj błogosławiony.
Mężowie święci, którzy z gorliwością tak niestrudzoną, częstokroć aż do przelewu krwi pracowali nad nawróceniem pogan, byli po większej części zakonnikami. Franciszek Ksawery i inni, którzy zaszczepili wiarę w Chinach i w Paragwaju, byli członkami Towarzystwa Jezusowego. Ten zakon, założony w roku 1540 przez św. Ignacego z Loyoli, był szczególnie czynny w rozszerzaniu wiary katolickiej i obronie jej przeciw błędnym naukom, przez co też ściągnął na się nieubłaganą nienawiść i ciężkie prześladowanie ze strony nieprzyjaciół wiary. Wzbudził Bóg także inne zakony, niemniej zasłużone, które w połączeniu z duchowieństwem świeckim miały zgoić rany, zadane kościołowi przez Lutra i jego wspólników. Pobożni Ojcowie Kapucyni, którzy około tego czasu wzięli początek z zakonu św. Franciszka z Asyżu, pracowali szczególnie w duszpasterstwie, i odznaczali się gorliwością pełną miłości, oraz umartwionym życiem. Pijarzy zajmowali się nauczaniem młodzieży; inni zakonnicy, jak np. Bracia miłosierni, trudnili się pielęgnowaniem chorych. Powstały także żeńskie zgromadzenia zakonne w celu kształcenia i wychowywania dziewcząt po chrześcijańsku: Wizytki, Urszulanki, Panie od dobrego Pasterza, Panny Angielskie. Obfitował ten czas bardzo w bohaterów wiary i cnoty. Św. Karol Boromeusz, kardynał i arcybiskup Mediolański (+ 1585), dał w czasie zarazy tamże grasującej świetny przykład chrześcijańskiej miłości bliźniego, odwiedzając chorych w miejscach najniebezpieczniejszych, po lazaretach i szpitalach, i oddając cierpiącym wszystką własność, nawet łóżko swoje. Św. Franciszek Salezy, książę biskup z Genewy (+ 1622), przywiódł łagodnością swoją, której niepodobna było się oprzeć, siedemdziesiąt dwa tysiące Sabaudczyków do wyrzeczenia się błędów Kalwina. Św. Wincenty a Paulo (+ 1660) poświęcił całe życie ubogim i uciśnionym; a taka była dzielność i bogactwo jego miłości, że się nie ostała przed nią żadna nędza. Zakładał domy dla sierót i dzieci opuszczonych, ustanowił zgromadzenie Misjonarzy dla pouczania nieoświeconego ludu wiejskiego, stowarzyszenie dla poprawy galerników i podziwu godny zakon Sióstr miłosierdzia dla pielęgnowania chorych. W Niemczech, mianowicie w Austrii i Bawarii, opierał się błędnej nauce, gdyby tama potężna, ksiądz Kanizjusz, zwalczał ją pismami i kazaniami, wznosił szkoły i pobożne zakłady, w celu zachowania i ożywienia wiary. Jaśnieli jeszcze W XVI. i XVII. stuleciu świętością życia święci: Jan od Boga, Jan od Krzyża, Tomasz z Willanowy, Filip Nereusz, Kajetan, Piotr z Alkantary, Kamil z Lellis, Józef Kalasanty, Józef z Kupertynu, Franciszek Borgia, Pius V, Fidelis z Sigmaryngi, Alojzy Gonzaga, Stanisław Kostka i wielu innych; z niewiast: św. Teresa, Róża Limańska, Aniela z Bresci, Magdalena Pazzis, Franciszka Chantal, Katarzyna Ricci itd. W XVIII. stuleciu słynął pomiędzy innymi, jako najpiękniejsza ozdoba kościoła, św. Alfons Mara Liguori, biskup św. Agaty koło Neapolu (+ 1787), który dla religijnego pouczania ludu założył zakon "Redemptorystów" czyli "Najśw. Zbawiciela".
Wszyscy ci święci dokonali wielkich dzieł, możną przyczyną swoją u Boga czynili nieprzeliczone cuda i udowodnili, że duch prawdziwego chrześcijaństwa, duch miłości, pokory i zaparcia się nie wygasł w kościele, jak to utrzymywali ślepi przeciwnicy naszej wiary.